羊肉因?yàn)槠涓叩鞍?、低脂肪和低膽固醇成為人類一個重要的蛋白質(zhì)來源。遷化美利奴羊是由南非和中國東北的羊雜交而來的，與親代比較，這種羊在遺傳特性上更具有抗性，而且肉質(zhì)更鮮美。這是由什么本質(zhì)的原因引起的呢？
為了探究這個原因，長春吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)的姜懷志老師團(tuán)隊使用了轉(zhuǎn)錄組測序的手段分析了兩種羊基因表達(dá)上的差異，為提高羊肉的產(chǎn)量和質(zhì)量提供了一個理論依據(jù)。該文章以“Comparative transcriptome profiling of longissimus muscle tissues from Qianhua Mutton Merino and Small Tail Han sheep”為題發(fā)表于著名學(xué)術(shù)期刊Scientific Reports，烈冰生信團(tuán)隊在測序和生信分析方面給予了有力的支持。
在這項研究中，作者分別對兩種羊進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序，找出了了960個差異基因，然后對其中463個與肌肉生長和發(fā)育相關(guān)的差異基因進(jìn)行了后續(xù)分析，接著進(jìn)行了基因網(wǎng)絡(luò)圖和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖的分析，最終確定了三個與研究目的相關(guān)的基因并進(jìn)行qPCR驗(yàn)證。

分析思路如下

１. 首先進(jìn)行測序?qū)嶒?yàn)，然后將原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾，過濾后的數(shù)據(jù)mapping到基因組上，如下圖，mapping的結(jié)果指標(biāo)包括Reads在基因組結(jié)構(gòu)（大部分位于外顯子上面）及染色體的分布。

２. 將mapping后的結(jié)果進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化以后，篩選出兩種羊的960個差異基因，對差異基因進(jìn)行了功能分類（GO分析）和信號通路分類（Pathway分析），挑選出了463個差異基因與肌肉生長和發(fā)育相關(guān)的條目，比如骨骼肌組織的發(fā)育、肌細(xì)胞分化、代謝通路和檸檬循環(huán)等發(fā)現(xiàn)，有很多與肌肉生長和發(fā)育相關(guān)的差異基因。

３. 接著，對于挑選出來的463個差異基因進(jìn)行了Gene-Act-Net和Co-Expression的分析，鎖定了處于核心地位的9個目的基因，分別是CBS、CCND,、HMOX1、ZBTB16、MGST3、SCARB1、SMAD3、NMNAT3和SDHC。

４. 文章的最后，作者對這9個基因進(jìn)行了qPCR的驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)與測序的結(jié)果是一致的。說明這9個基因在肌肉的生長和發(fā)育中起著重要的作用，也可能是引起肉質(zhì)鮮美的原因之一。

本篇文章第一次建立了QHMM和STH兩種羊的轉(zhuǎn)錄組圖譜，進(jìn)行了深入的數(shù)據(jù)分析，通過功能分析、通路分析以及共表達(dá)分析鎖定了與表型相關(guān)的9個基因并進(jìn)行了驗(yàn)證，解釋了QHMM肉質(zhì)鮮美的原因，為下一步基因敲除等深入的研究提供了理論依據(jù)。