本研究由復(fù)旦大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院及生物醫(yī)學(xué)研究院儲以微教授和劉榮花研究員團(tuán)隊(duì)合作,文章于2022年6月3日發(fā)表在Immunity雜志(IF=43.474)上,題目為Leucine-tRNA-synthase-2-expressing B cells contribute to colorectal cancer immunoevasion。
烈冰生物參與本研究中的單細(xì)胞測序工作,這也是我們單細(xì)胞測序服務(wù)助力發(fā)表的第三篇immunity文章,下面一起來了解下本文的研究思路和成果吧~
樣本處理
荷瘤小鼠(T1和 T3分期)CRC和正常結(jié)腸組織,分選CD45+免疫細(xì)胞
單細(xì)胞捕獲平臺
烈冰生物10X Genomics平臺
單細(xì)胞測序,流式分選,靶向代謝組學(xué),細(xì)胞共培養(yǎng),免疫熒光,染色質(zhì)免疫沉淀,實(shí)時逆轉(zhuǎn)錄PCR分析等
細(xì)胞聚類分析,subCluster分析,差異基因表達(dá)分析,GO/Pathway分析,擬時序分析,細(xì)胞通訊分析和 QuSAGE分析等
研究人員首先從CRC荷瘤小鼠的結(jié)直腸癌樣本中分選了腫瘤浸潤C(jī)D45+細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn),對獲得的細(xì)胞進(jìn)行了分群和B細(xì)胞、漿細(xì)胞(PC)的subCluster分析,發(fā)現(xiàn)LARS B細(xì)胞亞群獨(dú)立于卵泡B細(xì)胞亞群(FOB)、生發(fā)中心B細(xì)胞亞群(GCB)和PC亞群?;诓町惐磉_(dá)基因和QuSAGE分析發(fā)現(xiàn),LARS B高度表達(dá)Lars2并與亮氨酸生物合成和線粒體氨酰-tRNA生物合成功能顯著相關(guān)。
此外,隨著腫瘤的生長,LARS B數(shù)量增加。擬時序分析顯示LARS B細(xì)胞源自FOB細(xì)胞并向PC分化。但與PC不同的是,LARS B高表達(dá)Ptprc、Pax5、和Tgfb1等基因,表型上類似于漿細(xì)胞前體細(xì)胞,表達(dá)漿細(xì)胞驅(qū)動基因Prdm1,但抗體分泌能力較低,并通過TGF-β1與Treg細(xì)胞通訊密切。
團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步利用免疫組化染色發(fā)現(xiàn)LARS B存在于TLS以外的腫瘤間質(zhì),而正常組織、骨髓、脾臟和外周血中極少存在。而收集臨床CRC患者的腫瘤組織,息肉和配對的正常組織及外周血樣本分析表明,LARS B也存在于CRC患者中。此外利用90例CRC患者的組織芯片染色結(jié)果顯示,組織內(nèi)LARS B的富集與不良預(yù)后呈現(xiàn)正相關(guān)。
進(jìn)一步探究LARS B形成的原因和功能,發(fā)現(xiàn)相比其他氨基酸,亮氨酸在腫瘤浸潤B細(xì)胞高度富集;TGF-β1的分泌也與亮氨酸濃度有關(guān)。在化學(xué)誘導(dǎo)和原位腫瘤兩種CRC小鼠模型中,高亮氨酸飲食使腫瘤局部產(chǎn)生更多的LARS B并伴隨著TGF-β1的增加,進(jìn)而促進(jìn)腫瘤進(jìn)展。細(xì)胞體外共培養(yǎng)證實(shí)LARS B存在對TGF-β1依賴的調(diào)節(jié)性特征,進(jìn)而促進(jìn)Treg形成。
機(jī)制研究發(fā)現(xiàn)LARS B的核心基因Lars2定位在線粒體,對線粒體呼吸鏈復(fù)合體I-V蛋白翻譯至關(guān)重要。B細(xì)胞中缺失Lars2,線粒體呼吸鏈復(fù)合體的蛋白質(zhì)表達(dá)(復(fù)合物I、NADH脫氫酶等)受到抑制,進(jìn)而導(dǎo)致NADH向NAD+再生和TGF-β1的產(chǎn)生受阻。相較于瘤內(nèi)的其他B細(xì)胞亞群,LARS B的線粒體代謝增強(qiáng),特別是NAD+的再生,而NAD+依賴的去乙?;福⊿IRT1)通過去乙?;D(zhuǎn)錄因子(PAX5),使其與Tgfb1啟動子區(qū)的結(jié)合能力增強(qiáng),促進(jìn)了Tgfb1轉(zhuǎn)錄。
鑒于LARS B的亮氨酸依賴性特點(diǎn),研究人員提出了一種安全有效的亮氨酸節(jié)律飲食方案,以7天為一個周期,其中4天正常飲食,3天采用亮氨酸缺失飲食方式,該方案顯著抑制LARS B細(xì)胞介導(dǎo)的結(jié)直腸癌免疫逃逸,減緩了腫瘤進(jìn)展。鑒于腸癌與飲食的密切關(guān)系,該食療方案將助益腸癌的臨床防治和患者的個人飲食管理。
總的來說,團(tuán)隊(duì)利用單細(xì)胞測序技術(shù)系統(tǒng)分析了結(jié)直腸癌不同階段的腫瘤浸潤B細(xì)胞,首次發(fā)現(xiàn)一群高表達(dá)亮氨酸t(yī)RNA合成酶2 (LARS2) 的B細(xì)胞新亞群 (LARS B)。這群LARS B不僅具有TGF-β1主導(dǎo)的調(diào)節(jié)性特征,還具有亮氨酸營養(yǎng)偏好。基于此,團(tuán)隊(duì)提出通過限制亮氨酸飲食清除LARS B細(xì)胞、激活抗腫瘤免疫效應(yīng)。
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