烈冰NovelBrain®云平臺(tái)自上線以來(lái),受到了廣大科研工作者以及企業(yè)的高度關(guān)注,并接受了眾多科研團(tuán)隊(duì)的全方位、多層次的平臺(tái)功能和安全測(cè)試,在業(yè)界內(nèi)掀起了一股NovelBrain云計(jì)算風(fēng)潮。
烈冰一直以“Novel”為準(zhǔn)則,向大家傳遞新的知識(shí)、新的方法、新的技術(shù),以及新的產(chǎn)品。作為烈冰科技耗時(shí)八年推出的重量級(jí)產(chǎn)品,NovelBrain®云平臺(tái)更是致力于向所有科研和醫(yī)療行業(yè)工作者提供更新的、更便捷的、更高效的數(shù)據(jù)分析體驗(yàn),讓每一個(gè)普通人都可以輕松了解自己數(shù)據(jù)的價(jià)值,并賦予數(shù)據(jù)生物學(xué)意義。
為實(shí)現(xiàn)NovelBrain的崇高愿景,不斷進(jìn)行自我更新,增加大數(shù)據(jù)分析計(jì)算產(chǎn)能,完善平臺(tái)運(yùn)行機(jī)制,成為了NovelBrain®云平臺(tái)持續(xù)發(fā)展的必要環(huán)節(jié)。事實(shí)上,NovelBrain的研發(fā)團(tuán)隊(duì)一直在努力,NovelBrain®云平臺(tái)從V1.0升級(jí)到V2.0,在給用戶帶來(lái)更多驚喜體驗(yàn)的同時(shí),我們也在更細(xì)致地去思考自身的不足。值烈冰8周年之際,再次更新升級(jí)的V3.0版本攜新功能驚艷面世,實(shí)現(xiàn)了NovelBrain的里程碑式飛躍!
新的V3.0上線了GCN(基因功能網(wǎng)絡(luò)繪制軟件),增加了自動(dòng)化彈性結(jié)果報(bào)告系統(tǒng),完善了科學(xué)前沿的生物信息學(xué)工具和人機(jī)交互文檔,同時(shí)還實(shí)現(xiàn)了人類基因組重測(cè)序分析的大幅度加速,4小時(shí)即可完成單樣本的分析,打破了人重分析的瓶頸。具體更新內(nèi)容見(jiàn)下表:
看到這兒,大家可能還無(wú)法get到這波更新的意義所在,莫慌,烈小冰下面就帶您了解更新后的NovelBrain®云平臺(tái)V3.0可以實(shí)現(xiàn)的強(qiáng)大功能~
從該表可以看出,NovelBrain®云平臺(tái)針對(duì)不同客戶群體的多方面需求,在V2.0版本的基礎(chǔ)上進(jìn)行了再次重大升級(jí),全方位優(yōu)化不同用戶的使用體驗(yàn)。
針對(duì)不同需求的用戶,平臺(tái)主要做了以下幾點(diǎn)改進(jìn):
1. 提供了更準(zhǔn)確和易懂的各類文檔。幫助用戶在毫無(wú)生信基礎(chǔ)的情況下,也能輕松上手平臺(tái)操作,快速準(zhǔn)確靈活地整合生物信息軟件及Pipeline;
2. 增加了大量前沿的分析工具。不僅涵蓋有甲基化、宏基因組、群體遺傳和單細(xì)胞測(cè)序等分析,同時(shí)還緊追業(yè)內(nèi)前沿進(jìn)展,定制化開(kāi)發(fā)了生物學(xué)意義挖掘模塊;
3. 重點(diǎn)加強(qiáng)了報(bào)告可視化,可讀性和關(guān)聯(lián)性更強(qiáng),可自動(dòng)瀏覽結(jié)果報(bào)告。上線了自主開(kāi)發(fā)的GCN功能網(wǎng)絡(luò)可視化軟件,可以在結(jié)果中直觀展示生物學(xué)意義的功能傳導(dǎo)路徑。增加了自動(dòng)化結(jié)果報(bào)告判讀系統(tǒng),方便醫(yī)療客戶在報(bào)告中快速了解臨床信息;
4. 自主開(kāi)發(fā)NB三重調(diào)度加速框架,最終實(shí)現(xiàn)了人類重測(cè)序分析的大幅度加速,4小時(shí)即可完成單樣本的測(cè)序分析,較傳統(tǒng)的分析方法提高了十多倍速度;
5. 針對(duì)大型研究室、測(cè)序工廠和企業(yè)用戶,NovelBrain®云平臺(tái)V3.0額外升級(jí)了一系列的功能,降低了第三方軟件上線的工作量。針對(duì)科學(xué)研究的復(fù)雜性和可重復(fù)性,烈冰舍去復(fù)雜的文件配置,一鍵命令即可添加第三方軟件上線;對(duì)虛擬鏡像管理界面進(jìn)行了全方位優(yōu)化,Docker鏡像管理一體化;本著跨界共享的精神,開(kāi)放了眾多平臺(tái)接口,更靈活地進(jìn)行平臺(tái)對(duì)接,隨心所欲地進(jìn)行軟件二次開(kāi)發(fā)。
對(duì)NovelBrain®云平臺(tái)有一定了解的老師可能知道,為了滿足不同用戶的實(shí)際需求,NovelBrain®云平臺(tái)共推出了4款產(chǎn)品供大家選擇,分別是:Solar企業(yè)版公有云、Diamond私有云、Legend一體機(jī)和Skywalker公有云。關(guān)于以上的更新內(nèi)容,4款產(chǎn)品中存在些許差異,譬如Legend一體機(jī)和Skywalker公有云中,考慮到性能和安全性問(wèn)題,暫時(shí)沒(méi)有添加第三方軟件的功能和API開(kāi)放的升級(jí)。詳情見(jiàn)下表:
經(jīng)過(guò)此次升級(jí),NovelBrain®云平臺(tái)V3.0成為數(shù)不多的上線基因功能網(wǎng)絡(luò)繪制軟件的生物云平臺(tái)之一。接下來(lái),烈小冰向大家著重介紹一下烈冰自主開(kāi)發(fā)的GCN功能網(wǎng)絡(luò)可視化軟件上線將為平臺(tái)用戶帶來(lái)的便捷之處。
很多老師都知道,CytoScape是一款用來(lái)做生物分子網(wǎng)絡(luò)圖的作圖工具,其繪制的網(wǎng)絡(luò)圖可直觀展示基因互作關(guān)系。但對(duì)于生信小白來(lái)說(shuō),學(xué)習(xí)使用CytoScape軟件作圖的時(shí)間成本太高,操作起來(lái)也是相當(dāng)繁瑣?
NovelBrain®云平臺(tái)V3.0上線的GCN功能網(wǎng)絡(luò)可視化軟件,只需幾步簡(jiǎn)單的點(diǎn)擊操作和參數(shù)設(shè)置,即可一鍵實(shí)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)圖的繪制,并可對(duì)網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)的樣式和形狀進(jìn)行任意修改。用戶如果想用高級(jí)功能,也可將數(shù)據(jù)導(dǎo)出并與cytoscape互通。
以下是NovelBrain®可以展示的圖片形式:
GO-Tree網(wǎng)絡(luò)
物種富集網(wǎng)絡(luò)
GCN上線只是NovelBrain®云平臺(tái)V3.0更新的眾多內(nèi)容之一,由于篇幅問(wèn)題,這里不再做過(guò)多介紹,對(duì)于其他更新板塊感興趣的老師可以直接聯(lián)系我們進(jìn)行咨詢。NovelBrain®云平臺(tái)V3.0也歡迎各位老師進(jìn)行壓力測(cè)試,并向我們提出寶貴的意見(jiàn)和建議。您的支持就是我們的最大動(dòng)力!更多后續(xù)更新請(qǐng)持續(xù)關(guān)注哦!
至此,NovelBrain®云平臺(tái)V3.0成為行業(yè)內(nèi)更懂科研、更了解臨床的生物醫(yī)療云平臺(tái)之一,實(shí)現(xiàn)了NovelBrain的重大突破。在過(guò)去的一個(gè)月里,NovelBrain已經(jīng)部署至三家擁有NovaSeq的企業(yè),達(dá)成長(zhǎng)期戰(zhàn)略合作意向;
1家大型公有云機(jī)構(gòu)達(dá)成意向協(xié)議;2家三甲醫(yī)院達(dá)成醫(yī)療合作框架,聯(lián)合建立臨床檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室;與3家臨檢機(jī)構(gòu)建立NovelBrain醫(yī)療云開(kāi)發(fā)平臺(tái)。屆時(shí),NovelBrain的公有云注冊(cè)用戶突破10000,充值合作用戶突破1000人,培訓(xùn)專業(yè)人數(shù)突破400人。
更振奮的事情是,本次V3.0版本升級(jí),會(huì)第一時(shí)間更新到老用戶的平臺(tái)上,烈冰安全穩(wěn)定可靠的運(yùn)維體系,為NovelBrain的熱愛(ài)者保駕護(hù)航。
烈冰8周年
烈冰于2010年成立至今,身經(jīng)百戰(zhàn),數(shù)百篇文獻(xiàn)支持。8年間歷經(jīng)海量數(shù)據(jù)檢驗(yàn),已為600+國(guó)內(nèi)外機(jī)構(gòu)服務(wù)5000+項(xiàng)目,業(yè)務(wù)領(lǐng)域覆蓋科研機(jī)構(gòu)、大型藥廠、醫(yī)院、檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)等。從國(guó)內(nèi)circRNA研究文章(Sci
Rep. 2016 Mar 2;6:22572.)到人類血液外泌體長(zhǎng)鏈RNA數(shù)據(jù)庫(kù)exoRBase(www.exoRBase.org),從基于Ion
Proton測(cè)序儀的第一篇轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)(BMC Med Genomics. 2014 Aug 9;7:49)到第一篇高分轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)(Nature. 2016
Feb 4;530(7588):98-102,NovelBrain®云計(jì)算平臺(tái)身經(jīng)百戰(zhàn),不懼考驗(yàn),獻(xiàn)身懂科研!
新的八年,新的考驗(yàn),烈冰陪您繼續(xù)前行!