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產(chǎn)品簡介

原位空間組學(xué)技術(shù)（Xenium In Situ）將新鮮冷凍（FF）和石蠟包埋（FFPE）組織中的數(shù)百種RNA進行表達分析并精確到亞細胞定位（200納米），相較 Visium 空間轉(zhuǎn)錄組擁有更高的檢測精度，將會對我們理解腫瘤微環(huán)境、免疫、神經(jīng)科學(xué)、細胞特異性、生物發(fā)育等方面產(chǎn)生深遠的影響，并進入空間單細胞/亞細胞研究的新時代。


我們的優(yōu)勢

1. 國內(nèi)最早引入Xenium平臺的公司之一，烈冰率先完成APT測試實驗，現(xiàn)已正式開展客戶的實驗，實現(xiàn)樣本即送即做，助力客戶早日產(chǎn)出科研成果!

2. 烈冰是10x Genomics 官方指定的Xenium原位分析技術(shù)服務(wù)商!

3. 烈冰已助力發(fā)表多篇單轉(zhuǎn)結(jié)合空轉(zhuǎn)的高分文獻，具有先進的冷凍切片機和數(shù)字切片掃描儀，具備豐富的空間多組學(xué)的數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗!

4. 結(jié)合烈冰生物CytoNavigator百萬級大通量生產(chǎn)級數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)，能夠?qū)崿F(xiàn)個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務(wù)，確?？蛻舻难芯窟_到最佳效果!

樣本要求

樣本類型：

新鮮冷凍（FF）樣本：新鮮組織OCT包埋后-80℃速凍，可連同包埋模具一同保存運輸，在包埋模具上好做方向標記，用于確定切片方向；

石蠟包埋（FFPE）樣本：包埋好的石蠟塊或石蠟切片3-5張，4℃保存，干燥運輸。


其它注意事項：

1. 可聯(lián)系烈冰提供Xenium專用玻片由老師自行貼片，樣本處理和運輸過程需要在低溫環(huán)境

2. 多樣本拼片，需保證同一玻片選擇的Panel相同

3. 組織大小要長寬小于10.45mm*22.45mm（實際捕獲區(qū)域大?。?/span>

4. 切片質(zhì)檢：HE染色質(zhì)控判斷組織形態(tài)、空間信息保留是否完好，DV200 > 30%（DV200 為檢測樣品中大于 200nt 的 RNA 百分比）

5. 目前商業(yè)化panel僅支持人和小鼠物種（可定制增加100 genes），具有注釋良好的轉(zhuǎn)錄組的其它物種需要提前定制設(shè)計（具體細節(jié)請在送樣前與我司進行提前溝通）

實驗流程

數(shù)據(jù)分析流程

Xenium運行結(jié)束無需測序即獲得可解讀，能可視化的結(jié)果，同時也兼容Seurat，Stlearn等第三方算法包，對于目的數(shù)據(jù)進行基于細胞和空間維度的分析與深層次解讀，兼具易用性和深度。


結(jié)果示例

1、單細胞、空轉(zhuǎn)和原位分析（Xenium）聯(lián)合解析乳腺癌石蠟切片腫瘤微環(huán)境
發(fā)表時間：2023 年 12 月
發(fā)表期刊：Nature Communications
影響因子：16.6
發(fā)表單位：10X Genomics
研究背景：單細胞測序解決了細胞異質(zhì)性問題，但是缺乏空間信息，空間轉(zhuǎn)錄組測序可以提供空間信息，但分辨率有限，因此這兩種技術(shù)也具有很好的互補應(yīng)用效果，但這兩種技術(shù)在解析原位信息方面仍有所欠缺。理想的解決方案是提供高倍、高通量、可讀取空間信息，而不影響組織的完整性，具有亞細胞分辨率，同時兼容新鮮冷凍（FF）和福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織的方法。
研究方法：scFFPE-seq、Visium ST測序 和原位分析（Xenium）
研究結(jié)果：使用scFFPE-seq和Visium對乳腺癌FFPE組織進行全轉(zhuǎn)錄組分析，Visium鑒定了17種不同的細胞類型，Xenium以單細胞分辨率空間解析這些細胞類型及其基因表達譜。由于Xenuim工作流程的非破壞性，可以在同一切片后處理上進行H&E染色和免疫熒光染色，實現(xiàn)在同一張切片上進行蛋白質(zhì)、組織學(xué)和RNA成像。研究人員選擇了Human Breast Panel 280個基因和33個定制化基因共計313個基因，經(jīng)過基因解碼和成像之后，展示了完整的乳腺癌結(jié)構(gòu)信息。此外，研究團隊使用 Xenium 確定了傳統(tǒng)病理學(xué)方法無法鑒定的三陽性（HER2+/ER+/PR+）區(qū)域，由于該區(qū)域面積較小，在空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中容易被忽視，為導(dǎo)管原位癌（DCIS）的腫瘤浸潤提供了新的研究見解。

文獻示例


[1] High resolution mapping of the breast cancer tumor microenvironment using integrated single cell, spatial and in situ analysis of FFPE tissue（單細胞、空轉(zhuǎn)和原位分析（Xenium）聯(lián)合解析乳腺癌石蠟切片腫瘤微環(huán)境）發(fā)表時間：20231219；發(fā)表期刊：Nature Communications；物種：人；組織：乳腺癌組織


[2] Decoding spatial organization maps and context-specific landscapes of breast cancer and its microenvironment via high-resolution spatial transcriptomic analysis（高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析（Xenium）解碼乳腺癌和從屬微環(huán)境的空間組織解構(gòu)及其成因）發(fā)表時間：20231030；發(fā)表期刊：bioRxiv；物種：人；組織：乳腺癌組織


[3]Single cell-resolution in situ sequencing elucidates spatial dynamics of multiple sclerosis lesion and disease evolution（單細胞尺度級別的原位測序（Xenium）揭示了多發(fā)性硬化癥病變和疾病演變的空間動態(tài)）發(fā)表時間：20230630；發(fā)表期刊：bioRxiv；物種：小鼠；組織：頸脊髓


[4]Mapping ovarian cancer spatial organization uncovers immune evasion drivers at the genetic, cellular, and tissue level（原位空間組學(xué)揭示了卵巢癌的免疫逃逸在基因-細胞-組織水平上的驅(qū)動機制）發(fā)表時間：20231019；發(fā)表期刊：bioRxiv；物種：人；組織：卵巢癌組織