沿襲冰凍組織空間轉(zhuǎn)錄組實驗,Visium FFPE測序也需要對組織進行切片,因此客戶提供樣本時,可以是前期保存的石蠟組織塊,或取新鮮組織用石蠟包埋。后續(xù)切片、質(zhì)控、RNA信息捕獲及文庫構(gòu)建和生信數(shù)據(jù)分析等工作,全部由烈冰完成,具體實驗流程如下:
FFPE樣本切片厚度一般為5μm(區(qū)別于冰凍組織樣本的10μm),切片樣本大小不宜超過6.5mm × 6.5mm(載玻片的大?。?,超出的部分無法被捕獲到,反而可能會影響其他樣本空間信息。
組織樣本太大怎么辦?可以根據(jù)不同病變區(qū)域分為多個樣本。例如,腫瘤組織可以分為中心/邊緣/正常組織進行切片觀察。
另外,對每個FFPE樣本,都需要做FFPE貼片粘附性實驗。通過切片脫蠟染色再復(fù)水,顯微成像觀察脫片情況,保證正式實驗樣本切片能牢固的粘附在玻片上,防止后續(xù)實驗過程中加各種試劑或洗滌浸水導(dǎo)致切片脫落。